架空年代，戰爭不斷，日本國與龍簽訂合約，讓龍長期盤旋在國之上空保護子民安全，巨大的龍牙需要每日清潔齒垢，除掉兇惡蛀牙菌維護健康，危險性極高所以牙醫群數量非常龐大。
初雪降臨早晨，牙醫野乃子檢查龍牙時，在龍牙床發現一名金髮少年，她喳喳呼呼喊來資深牙醫悟堂叔跟柴名姊，其他尾隨而至的牙醫群看見少年，有人驚喊：別碰他，那是「黃泉歸來」者，是不祥之兆。
貝爾原本是軍人，因為年輕遭屬下布蘭科背叛，被割斷喉嚨而死，卻被龍挑選中於龍牙中復活。
經過討論悟堂叔決定讓貝爾跟著野乃子學習當龍的牙醫，他的前世記憶多數遺忘，野乃子怎麼說他就怎麼做。
笨手笨腳的他初次見到源源不絕流出來的黑色齒垢，反應不及差點被淹沒。
牙醫工作量大，很耗體力，吃飯時，野乃子捧著滿滿白飯拼命扒下肚，後來貝爾才知道連年戰爭，缺乏食物，從事牙醫工作最大好處絕對吃得飽。
貝爾在等待通過龍的測試時間，某天例行清潔龍牙工作時，一顆龍牙竟斷裂嚇壞大夥，悟堂立即命令野乃子趕緊將牙齒撿回來，若掉落地面被軍隊拾走，後果不堪設想。
突然從斷牙裂縫處浮出蛀牙菌—天狗蟲，牙醫群大驚失色，天狗蟲攻擊力強悍，十三年前出現的天狗蟲，造成牙醫群的大半傷亡。
有人將天狗蟲再現身歸咎於「黃泉歸來」者貝爾帶來的不幸，悟堂檢視斷牙發現是人為因素，他問經歷過天狗蟲劫難倖存的柴名：妳應該知道原因吧？
仰頭大笑的柴名竟魔化了，她的情人竹本在十三年前天狗蟲襲擊事件死亡，她質疑牙醫工作所為何來？為了報復龍，她將天狗蟲幼蟲養在龍牙裡，等待時機成熟。
人死後，靈魂進入龍的身體，再由龍篩選成為牙醫，第二次生命若將結束時，龍會在夢境中給予示警，讓牙醫有心理準備。野乃子對這樣的生命坦然接受，貝爾有疑問，對於龍的牙醫等待最終命運的看法提出反問：活的多久很重要嗎？
柴名不接受這樣的安排，選擇毀滅龍及當日存活下來的牙醫。
掉落的龍牙成為敵方搶奪的重要品，昔日貝爾國家軍隊精銳部隊傾巢而出，戰爭一發不可收拾，背叛殺害貝爾的布蘭科進入龍的體內，闖入由祭司跟和尚守護的聖殿，殺死所有守護者搶走最重要的龍的智齒，失去智齒龍就沒有力量，只是尋常小蟲。
貝爾來到聖殿與布蘭科再次面對面，為奪回龍的智齒，命運終究是不可更改，貝爾再次死在布蘭科的槍下，龍預知自己會遭受劫難的命運，特別挑選能拯救牠的「黃泉歸來」者，貝爾完成任務，以性命做為代價。
但這次的死亡是貝爾的選擇，他所能做的就是讓野乃子好好活下去。
柴名強行改變命運，以天狗蟲力量進入黃泉想要帶回竹本，見到只是虛無靈魂，跟過往一幕幕回憶，終究無法讓竹本成為「黃泉歸來」者，柴名灰飛煙滅時，對野乃子說：要做個好女人好好活下去。
《龍的牙醫》以龍和人類締造盟約守護和平，隱喻人們對自己命運的選擇，是隨心所欲，過自己認為最佳的生活，或是不接受安排，奮力一搏，讓生命生如麗花，死時願如雪花，飄然落地，化為塵土。
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