伊莉莎（莎莉·霍金斯 飾）還是個嬰兒時，被不明人士以殘忍手法在她頸部留下無數刀痕，讓她無法講話。她和澤爾達（奧塔薇亞·史班森 飾）在孤兒院長大，由她解讀手語跟外界溝通。
兩人在政府秘密實驗室擔任大夜班清潔工，不會說話的伊莉莎，每日聽澤爾達抱怨丈夫鎮日看電視，不說一句話，這批科學精英衛生習慣如何差勁。
有天實驗室來個大水箱，伊莉莎好奇觀看發現水裡藏有神秘似人非人的生物。直到李察·史崔克蘭上校（麥可·夏儂 飾）對那神秘生物施虐遭到反擊咬斷兩根手指，送醫治療，伊莉莎才有機會偷偷進入實驗室近距離接觸這有著藍色皮膚，魚鰭鱗片的魚人，伊莉莎請牠吃水煮蛋，放音樂給牠聽，魚人能讀懂伊莉莎的手語，跟她溝通。
伊莉莎興奮的向她的室友，同性戀廣告插畫家基爾斯（李察·傑金斯 飾）報告這項發現，當她聽到五星將軍弗蘭克對李察說，蘇聯已經將猴子送上太空了，為了在太空競賽中取得優勢，儘快將魚人活體解剖。
以生物博士隱藏蘇聯間諜身份的崔米迪，認為魚人有其神秘價值，不該解剖，應該保留生命長期研究，遭到將軍拒絕，上校冷言嘲諷。
伊莉莎對魚人有了感情，拜託基爾斯幫忙把魚人偷出來藏身家中浴室幾天，等到幾天後下大雨，附近運河水位漲滿時，再把牠放日運河回歸大海。
基爾斯不肯為這瘋狂計畫涉險，禁不起伊莉莎的哀求，答應假裝成洗衣店的司機開車來接應。連崔米迪和澤爾達在危急千鈞一髮時刻，助伊莉莎一臂之力，順利逃跑。
如此珍貴神秘魚人自然非同小可，將軍下達不惜任何代價，都要找回魚人，不然李察將會消失在一個沒人知道的地方，為了活命，李察對所有嫌疑人施以狠毒手段。
電影《水底情深》是一個超自然的異想旅程，魚人既是從亞馬遜河被抓來的，卻需要浸泡在大量鹽水中，才能維持生命，滿奇怪的。
魚人除了是殺不死的不死之身外，更能替人治癒傷口，還能讓禿頭長出頭髮來，一直被亞馬遜河當地土著當成神以鮮花水果供養。
導演讓神秘魚人與失聲的人類女子相遇，談起戀愛，故事用一個奇幻童話的角度，切入社會的各種歧視角度，無論是膚色，種族以及性別認同，都透過這個奇幻愛情的劇本，展現溫柔的情感。
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