昭和34年4月某日清晨，帶小狗散步的刑警藤澤六郎在河邊發現了一具女性屍體。
從死者的皮包中的證件，確認了死者身份是航空公司空姐，名叫生田世津子。皮包裏還有一個奇怪的信封，寄信人為“古烈莫教會”。
死者衣衫整齊，表情祥和，但經解剖證實為扼殺導致的窒息死亡，藤澤對世津子死前祥和的表情無法釋懷，進入搜查本部與年輕刑警市村由孝組成調查小組參與案件調查。
詢問多位目擊者，藤澤得到可靠目擊情報，當日上夜班晚歸的男性案發當晚，看見案發現場出現過一輛藍色雷諾轎車，說出的車牌號查證竟是外國人專用牌號。
藤澤與市村由調查資料，得知古烈莫教會就有一輛藍色雷諾。
兩人親自前往教會查證，年輕神父托貝卡對當日行蹤交代說詞閃爍，聽到生田世津子名字，神情怪異，與教會關係往來避重就輕，藤澤將他成為頭號嫌疑人。
由於案子涉及國際問題，政府上層想把案子壓下來。藤澤頂住壓力堅持調查，某天他發現一位和教會主神父關係密切的神秘女子江原康子，發現女屍當時，她也在圍觀人群中。
又從農婦大嬸口中得知，戰時，神父做為戰俘被囚禁在小島，江原康子冒著生命危險，深夜游過冷冽河水，為神父送去得來不易的配給品，一直到戰爭結束。刑警直覺告訴藤澤，這個對人敬而遠之的女子恐怕與案子脫不了關係。
江原康子對藤澤的詢問，避重就輕表示自己只是幫忙教會將聖經翻譯成日文，不認識生田世津子，與托貝卡神父也不熟。
詢問相關證人越多，藤澤發現表面教會教規極嚴，神父被禁止獨自上街，禁穿黑色聖裝以外的服裝，嚴戒女色。事實上神職人員卻有不為人的另一面。
神父都違反禁慾的教規，與日本女子同居，年輕神父托貝卡更受命接近生田世津子，用愛迷惑她，天真的生田世津子明知神父不能結婚，還是跟他在一起，最後不願淪為運送毒品的幫手，結果被殺。傻女孩遇上一個沒見過什麼世面的年輕神父，結局是沒什麼好下場。
警方動用了龐大人力調查此案件，抽絲剝繭下逐漸看到破案的曙光，雖然證據確鑿，托貝卡神父在最後一刻背棄上帝，順著律師的話，否認認識世津子，案發當日他在教會為信眾佈道拍照，所有信眾畏懼教會，共同做偽證，使得他有完美不在場證明。
明知美國人神父是兇手，但日本作為戰敗國被美國以宗教及政治控製，在政府高層的壓力下最終無法將嫌疑犯定罪，讓嫌疑犯逃往國外，〈空姐運毒殺人事件〉無法破案成為日本警方的污點。
《黑色福音》忠實重現昭和時期日本懷舊風情與街景，對當時的強國美國極為不滿，干涉他國內政外，還在販毒殺人後，以美國公民不在本國以外受法律審判大搖大擺一走了之，受害者有冤無處訴，做為幫兇的律師也非常可恥，昧著良心睜眼說瞎話，替兇手脫罪。
宗教信仰不是為了療癒信仰者的心靈，反而成為犯罪者的幫手隱藏處，上帝知曉也要流淚。
資深演技派北野武演幹練刑警藤澤六郎，瑛太演他的年輕拍檔市村由孝，竹內結子演教會信徒江原康子。
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