平霖市發生駭人聽聞的溶屍案，依現場各項物證，警方初步認為死者是昔日玉女歌手蘇可芸（丁寧 飾演）。
資深鑑識員方毅任（張孝全 飾演）在證物之一浴缸瓶蓋採到疑似女兒的指紋，經過電腦比對果真是女兒江曉孟（李沐 飾演）的指紋。
資料顯示曉孟因犯下傷害罪，被送到少年感化院。他打電話去詢問時，輔導員告訴他，曉孟被送來第一天就逃跑，她的母親早已過世。
這兩件訊息讓方毅任震驚到無言，十年前女兒打翻他研究用化學藥劑，受到嚴重灼傷。妻子對他關心那堆瓶瓶罐罐更甚女兒，斥責他到底是不是人啊？
方毅任有亞斯伯格症，執著工作的分析證明，他一直線的思考行事，不會看人臉色，無法跟人溝通，非常惹人厭煩，同事很討厭他，更被說：想升官，千萬別跟方毅任同一隊。
根據旅館附近監視器拍攝到曉孟，她被列為重要嫌疑犯，警方發佈追緝。
十年沒聯絡的女兒與命案有關，方毅任不相信女兒會殺人，決定自己追查真相，他不信任警局的同事，尤其是負責的刑警小隊長趙承寬（王識賢 飾演）。
方毅任查曉孟為何犯下傷害罪，認識當初報導那件新聞的記者徐海茵（許瑋甯 飾演），她提供訪談曉孟的視頻，帶他去曉孟工作的酒店問線索，方毅任不要徐海茵跟在旁邊，堅持獨自問一個個酒店小姐認不認識曉孟，被當成警察來找麻煩，讓保鑣趕出去。
徐海茵趁方毅任在酒店內時，找來鎖匠打開車門，翻看他公事包內的溶屍案採證現場照片。對他提出交換條件，她願意提供更多曉孟的線索，那些照片讓她刊登。
徐海茵不知道方毅任有亞斯伯格症，私下洩露消息給記者違反他的工作規定，又想知道女兒更多訊息，他在車內發狂的搥打方向盤舉動，嚇壞徐海茵。
方毅任和學弟陳耀輝（馬念先 飾演）進行蘇可芸遺體解剖時，檢視頭顱五官沒有整形痕跡，而且下肢結構是男性。所以這具焦黑遺體不是蘇可芸，在旁邊等待的趙承寬立刻指示追蹤蘇可芸的行蹤。
蘇可芸出現在即將完工的大樓附近，警察兵分多路追逐，她卻在頂樓自焚，燒焦遺體旁有超級房仲張聰健（陳家逵 飾演）的員工證，仲介公司說此人已離職三個月，張聰健的父親卻說兒子每天都去上班。
搜索時，趙承寬在張聰健房間內找到向勞工局檢舉過勞超時工作的大疊記錄表，和治療癌症的止痛藥。
公司堅稱張聰健是自願離職，生病的事他們不知道，工時，加班薪水都依勞動部規定，不知道張聰健為什麼要亂檢舉。
少年時參與綁架商人撕票案，因未滿十八歲逃過死刑的劉光勇（ 夏靖庭 飾演），在溪裡溺斃，留下遺書以死向受害者及家屬道歉。
經過DNA比對，溶屍案死者是曉孟酒店的同事游誠皓（ 黃河 飾演 ），他想變性成為女人，父母嚴厲反對，離家出走在酒店工作為手術存錢，卻經常遭到酒客戲弄羞辱，曉孟挺身而出保護他拿酒瓶砸傷客人，才被送感化院。
以為死了的劉光勇好端端出現在家附近，被警方找到問完口供，回家後卻上吊沒死成，在醫院治療卻被注射過量吩坦尼死亡。屍體在殯儀館被偷，幾天後從安光護理之家高樓被拋下，手腕掛著周洋的姓名手環。
認為是劉光勇的死者卻不是他，而是被雙胞胎弟弟莊秉耀冒名頂替的雕塑家莊秉榮（鄭人碩 飾演）。到此演變成連環命案，警方遲遲找不到江曉孟，亡者身份事件前因後果總是被鉅細靡遺報導出來，趙承寬嚴令不許露口風給記者，因賭債洩露辦案進度給徐海茵收錢的警員小廖（張再興 飾演） 緊張死了。
鑑識課告訴趙承寬江曉孟的父親竟然是方毅任，趙承寬拍桌咆哮，難怪方毅任要求回現場，案件辦到那裡，就跟到那裡，就是為了包庇她女兒。
於是方毅任被警方通緝的對象，此時連環命案死者的遺願說視頻在網路瘋傳。
追查視頻IP位置，是從安光護理之家的清潔工李雅均 （林心如 飾演）的住處上傳，那裡還有許多江曉孟個人物品。
警方分別追捕方毅任和李雅均。
《誰是被害者》每集由一個亡者帶出一個主題，過氣歌手戒毒後，想重返歌壇遭製作人跟公司冷處理，性別平權，勞工權益，貧窮失能者長照悲歌，精神疾病，新聞媒體亂象，財團為旗下企業違法經營，行賄政府單位、立委、檢警高層阻撓查緝等等不同社會議題。
長期遭家暴的外配，在醫院開辦的自殺防治團體，結識尋求協助治療者，看曉孟為母親被病折磨的痛苦，告訴可以放棄無效治療對她對母親都好，一天天的語言訴說洗腦，曉孟終於親手關掉母親的呼吸器，為化解她自責「殺母」的痛苦，開始教導她如何啟動連環的自殺命案。
曉孟在每件命案都會留下線索，她知道父親會找到她，然後告訴他母親的遺願。
整部戲藉由社會記者徐海茵看案件的發展，她跟方毅任聯手追查真兇，阻止悲劇一再發生同時，也回想過往人生遭遇，如何一步步走到今天的樣子，通過與受害者家屬談話，學著改變自己與家人的關係。
方毅任對女兒說，「我們都害怕不被理解的死，我們都期待被理解，我想拉你一把，你活着我們就還有機會。」
徐海茵探視獄中的李雅均，這個把教唆他人自殺視為「在幫他」的女人，堅信死亡是改變現狀的唯一出路，她把讓被害者沒有痛苦地離世，稱為「送給他們禮物」。
徐海茵告訴她，活比死更需要勇氣，「活下去，才有希望」，假如能有多一點時間，一切可能會不一樣—有的被害者能收到妹妹精心準備的生日禮物，
有的被害者會看到家門口大樹終於開花，有的被害者會陪伴老婆迎接新生命的到來……多爭取一點時間，活着，才會有改變的可能。
張孝全 戲劇作品：青田街一號
：健忘村
：念念
許瑋甯 戲劇作品：目擊者
鄭人碩 戲劇作品：寒單
林心如 戲劇作品：魔宮魅影
：大囍臨門
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