十五年前一樁兒童誘拐殺人案震驚全國，一直抓不到兇手，案子始終未能偵破。在追訴期即將到期時，迫於無奈警方只好公佈當年嫌犯打的勒索電話錄音，請求民眾提供線索。
多恩（孫藝珍飾）和同學在速食店聚會，父親順滿（金甲洙飾）順路來接她，此時店裡的電視正播出這段錄音，當多恩和同學聽到結束通話前的那串笑聲，多恩臉色大變，其中一位女同學面露懼色說：這嫌犯的聲音跟多恩爸爸的聲音好像啊。
回家後多恩追問父親，父親立刻否認。巧合的是警方上門，將順滿帶回問話。
多恩從小和父親相依為命，感情深厚，她無法將犯下如此残忍事件的兇手，和疼愛自己的父親聯想在一起。為了揭開真相，多恩決定暗中調查。
她以報社實習記者的身份，找到當年受害者的父親，知名婦產科院長詢問當年的細節，對於兇手殘忍地將六歲小孩撕票扔進冰冷河流中，已經過了十五年傷心的父親說起這事來還是淚流滿面。
當多恩聽到要求放贖款的地址時，她想起久遠的記憶，父親教她寫字，他念一句她寫一字……她問院長還保留那張紙條嗎？
院長打開抽屜取出個盒子，拿出那張紙條：狡猾的傢伙，叫小孩寫地址，自然筆跡鑑定就不是他啦。
多恩看著那寫在作業簿的童稚字跡，簡直要昏厥過去了。她的反應太奇怪了，院長開始追問她真的是報社派她來訪問？她的真實身分是誰？
多恩找個藉口逃跑，回到家後，父親正在整理客廳，多恩追問教她寫下那行地址的事，她含淚問：爸爸就是兇手吧？那麼小的孩子怎麼下得了手？
順滿一貫否認，多恩實在太害怕了，不知如何面對，她拜託念警校的同學替她查父親可有犯罪記錄，沒想到竟查出已逝去的母親還活著，目前生病住院。
鄭順滿被押到警局等待聲紋鑑定結果，判定聲音不是同一人，警方只好放他走。
當十二點鐘響，順滿放聲大笑，笑聲刺耳讓多恩害怕，她哭著問：爸爸是兇手吧？順滿答，多恩寶貝女兒，我這都是為了你啊。死個孩子有什麼重要的，以後我會做個更好的父親。
多恩嚇傻了，她從沒有見過這樣可怕的父親，她拉著著他的衣服，哭喊著要跟他一起死，乞求那個被殺的孩子的原諒……一輛高速行駛的車從後方追撞他們，是婦產科的尹院長，抱著同歸於盡的決心，將順滿的車撞翻滾落坡道下，他的車也翻覆起火爆炸。
《血緣共犯》的結局非常哀傷，也出乎意料之外，警方查出多恩不是順滿的親生女兒，他的妻子無法生育，為了要個孩子，順滿從醫院偷來嬰兒，這事被他的小舅子知道後，向他勒索一千萬，不然就要向警方舉報，順滿才會犯下綁架撕票案。但小舅子和姊姊也是共犯，知情不報，十五年後又來恐嚇要錢，造成更大的悲劇。
順滿和院長都在這次車禍身亡，警察找到多恩的親生父母，他們哀嘆：多恩雖保住一命，但留下終生殘疾………。
最後鏡頭停在多恩呆滯的臉時，更驚人的一幕是：小舅舅在公用電話亭舉報了尹美善綁架案時的錄音，和之前兇殺案的聲音一樣。
是多恩誤解了那麼愛她，為她付出一切的父親。
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