科學家馬克（凱爾·錢德勒 飾演）艾瑪（薇拉·法蜜嘉 飾演）夫妻，在舊金山發生的泰坦巨獸和哥吉拉大戰穆透時，兒子安德魯也在那場傷亡慘重事件喪生，兩人因而離婚，艾瑪帶著女兒麥蒂森（米莉·芭比·布朗 飾演）前往中國雲南的「君主」組織基地，繼續監控各地發現的神祕巨獸。
有隻被稱作摩斯拉的幼蟲從卵中孵化，艾瑪啟動依據馬克設計，研發出的奧卡音頻機，準備用來控制巨獸行動，使失控的摩斯拉平靜下來。
但基地遭到由艾倫·喬納為首的生態恐怖份子襲擊，艾瑪和麥蒂森被綁架，奧卡裝置被搶走，喚醒遠古巨獸基多拉，摩斯拉則逃往附近瀑布中結繭。
君主高層芹澤博士(渡邊謙 飾演)和薇薇安聯絡馬克回來幫忙協尋艾瑪的下落。
厭惡巨獸的馬克，為了救回女兒勉強答應協助君主高層。
棲息於百慕達海底的哥吉拉開始往南極洲游動，眾人推測喬納藏身在南極洲的基地，準備釋出「零號怪獸」：一隻被冰封數千年的三頭巨龍，同時跟哥吉拉競爭頂級掠食者地位。軍隊抵達基地後正趕上喬納的軍隊撤離，艾瑪自行炸毀冰層釋出零號怪獸，帶著麥蒂森跟喬納撤離。
復甦的零號怪獸殺死葛拉罕在內大部分君主人員，跟哥吉拉短暫交戰後展開翅膀飛走，原來艾瑪是跟喬納結盟，準備喚醒各地的泰坦巨獸，運用巨獸的力量來消滅地球過多的人口，以減少對地球破壞資源消耗的危害。
在墨西哥馬拉島火山中休眠的巨獸拉頓，被喚醒了，零號怪獸隨著巨大熱帶風暴往島飛行，馬克試圖將拉頓引向零號怪獸的位置，但拉頓卻被零號怪獸輕易打敗。哥吉拉趕來跟牠再次交戰，牠被哥吉拉咬斷一顆頭。
美國海軍對巨獸位置發射一顆足以消滅方圓兩英里內所有生物的原型導彈，在水中爆破後使周圍的魚類全部斃命，哥吉拉也失去生命跡象。
唯獨零號怪獸毫髮無傷，斷掉的頭甚至重新長回來，拉頓便對零號怪獸屈從。
如今稱王的零號怪獸隨即喚醒各地的其他巨獸，指示牠們摧毀經過的城市。
科學家陳艾琳（章子怡 飾演）從神話系列記載中，得知零號怪獸名為基多拉，一隻試圖統治地球生態系的遠古外星巨獸。
《哥吉拉 II 怪獸之王》講述三頭龍王者基多拉從地底的長眠中甦醒，牠召喚所有隱藏在世界各地的巨大怪獸跟著牠一起甦醒，全球陷入山崩地裂的末日景象，長期蟄伏在深海底的哥吉拉也感受到牠的邪惡力量，牠正面迎戰王者基多拉，正當兩大怪獸為地球的霸權而戰時，擅長飛行的拉頓與摩斯拉也出現在天際。
而一路追蹤古老神祕生物的「君主組織」這次也將動員所有的軍事力量做到芹澤博士願景：人類與巨獸和平共存。
最出色的是四大怪獸—哥吉拉、基多拉、摩斯拉、拉頓對決的場面，山崩地裂壯觀又震撼。
這裡基多拉是反派的惡獸，哥吉拉敗在牠手下時，還是靠摩斯拉轉移力量讓牠療傷，恢復力量滅掉基多拉。
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