內向孤僻只喜歡看書的「我」，習慣與人保持距離，有一天，「我」在醫院候診區椅子上撿到一本手記，封面用麥克筆寫著《共病文庫》四個字。
裡面記述著她因為胰臟病，餘命所剩不多，以及臨死前希望能完成的所有願望。正讀著，同班同學山內櫻良快步走來，說手記是她的祕密日記本，「我」看活潑開朗深受所有同學喜歡的山內櫻良，很難想像她是個病人，櫻良輕描淡寫說：醫生斷言她活不過一年，可是她不希望被同學同情，才沒告訴人生病的事。
此後，櫻良常找「我」聊天，還自願擔任圖書股長，只為可以在圖書館和「我」一起整理書籍。櫻良總按照自己喜好把歸還的書籍擺放一起，「我」就要把書找出來，一一照編碼歸位。
有次放學後櫻良約「我」去吃燒烤，她吃著內臟類時，突然說：讓對方吃掉自己內臟，聽說靈魂就會活在對方體內。
「我」愣住了會：拜託，妳正在吃內臟別說這種恐怖的話好不好。
櫻良呵呵笑：這跟認為身體哪個部位生病了，只要吃下同樣部位病就能痊癒的意思是一樣的嘛，只是單純迷信。
燒烤會後，兩人關係起了微妙變化，校園內經常形影不離，還一起去旅行在外面過夜，同學間開始有流言傳播，更引起櫻良最好朋友恭子對「我」產生強烈敵意，櫻良前男友更是對「我」點燃妒恨之火。
櫻良被醫生要求住院詳細檢查治療時，「我」去探望櫻良，原本看著病房外天空發呆的櫻良，立即給「我」燦爛的笑臉，說住院是常有的事，不需要對同學們張揚。
「我」問生命逐漸流逝的櫻良：對妳來說活著的意義是什麼？
櫻良答：活著這件事，肯定就是和某個人心意相通，如果只有自己一個人，不會知道自己是否存在。
這句話讓也來探病的恭子聽見了，非常生氣，更加討厭「我」。
櫻良死了，不是疾病，而是遇上無差別殺人犯隨機犯案，消息太過震驚，一直希望醫學進步，能讓她恢復健康，沒想到警察遲遲逮捕不到的無差連續別殺人犯，竟奪去櫻良的青春的生命，「我」完全無法接受，缺席了櫻良的守靈夜和告別式。
幾星期過去了，「我」的情緒總算平復接受事實了，去櫻良家給她上香，櫻良的母親對「我」表示感謝，聊了些瑣事才問起「我」的名字。
志賀春樹。終於知道讓櫻良喜歡的人叫志賀春樹。
櫻良的母親讓他等一下，她交給他那本《共病文庫》手記，特別提醒志賀春樹翻到後面看櫻良留給他和恭子的遺書。
櫻良希望春樹能和同學好好相處，不是總是沉著臉不說話獨來獨往。人活著是有意義的。就跟你和我都是因為自己的選擇，所以現在才在這裡活著一樣。
櫻良嘴上說不希望同學知道她生病隨時面臨死亡，心裡卻渴望有同齡人能明白她內心其實很恐懼。
獨來獨往寡言不語的志賀春樹成了她最好的傾聽者。兩個個性完全相反的人，從相遇那刻起，情感得到互補，我想吃掉你的胰臟這句話，是他們才明白的承諾。
《我想吃掉你的胰臟》是一個青春的故事，成長的故事、戀愛的故事，甚至也是一個探討生死的故事。
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