當紅偶像申曉靜從住處跳樓當場死亡，震驚社會。
不久前她在Twitter曾寫下想死的厭世文字，記者、主播跟名嘴們開始輪番在節目裡討論申曉靜的死，是最近爆出性接待醜聞導致這齣慘劇的發生，粉絲們對偶像身陷醜聞遭輿論攻擊，導致身亡，憤怒不平，攻擊申曉靜不潔身自愛的言論，轉向要求警方一定查出真相，是否真有性接待名單存在。
警方有來自高層的壓力，以單純自殺事件結案。超級駭客哈迪斯在網路播放一段影片，揭露申曉靜是被推下樓墜落身亡，不是跳樓自殺。
影片被快速轉發，引起軒然大波，負責偵辦此案的警察廳網路搜查科的警察們承受莫大壓力。
公開申曉靜被推下墜樓的駭客哈迪斯被認定為殺人兇手，警方準備逮捕他時，他的身份被起底，是網路搜查科隊長金宇玄（蘇志燮 飾演）警察大學同班同學朴其英（崔丹尼爾 飾演），當年他因駭進警方內部發現收賄人員名單，被金宇玄的父親要求將名單交出，不然要將他開除，因為對整個警察體制失望，連金宇玄的父親也同流合污，朴其英選擇離開學校，面對金宇玄追問原因，他三緘其口。
被警察大學開除的朴其英成立地方報紙「真實故事」，專門揭露弊案，更成為神祕強大的駭客。
金宇玄約出朴其英質問為何殺人？朴其英否認是兇手，只說有一神秘人出高價讓他從申曉靜電腦中找到「幽靈」檔案。
朴其英的駭客身份連警察都查不出，為何委託人會知道，他認為這個人應該就是兇手，願意冒險潛入警察廳，在警方列管的證物室找尋申曉靜的筆電，被網路搜查隊女警柳江美（李沇熹飾演）發現，要將他上銬，朴其英說明原因，柳江美半信半疑的跟他一起觀看這份神秘檔案內容。
這段影片讓兩人大為震驚，世強證券的代表喝下的酒裡遭人下毒，不久倒地身亡，更令他們不解的是金宇玄也在場，眼睜睜看著命案發生。
朴其英約了金宇玄見面要問清楚，他為何會出現在那段影片裡。兩人在廢棄化學工廠沒談到重點，爭執中金宇玄拿槍對著朴其英要他別再查下去，此時有人在廠區佈下爆裂物和倒滿汽油，引爆時威力非同小可。
被炸成重傷的兩人，仍費力互相扶持要逃出現場，奄奄一息的金宇玄告訴朴其英，警察廳內有內鬼，一定要把他們找出來。更大的一波爆炸響起，兩人被大火吞噬。
搜救警消人員在現場找到燒得面目全非一息尚存，身上有網路搜查科隊長金宇玄證件，認定身份為金宇玄，緊急送醫搶救。燒焦的另一具男屍，辨識為朴其英。
尾隨金宇玄趕到化學工廠被警局人戲稱「瘋牛」的主管權赫柱（郭度沅 飾演），對存活者的身份存疑，要求詳細比對確切身份資料。
接獲消息的柳江美趕到醫院，偷偷對病床上的男子做了指紋比對，結果逼出她的眼淚來，這重傷的人不是金宇玄。
恢復意識再次逃過差點被悶死的朴其英，對柳江美坦承自己的身份，也說出金宇玄出現在「幽靈」檔案視屏，是想找出藏在警局內的臥底，對方發現他的目的，狠心炸死他。他倖存活下來，決定代替金宇玄活下去，揪出內鬼來。
江美在權部長要求比對齒模，去偷資料調包好讓朴其英能順利整型成金宇玄的臉，頂替他活下去。
一年後，重獲新生的朴其英頂著金宇玄的臉回到了警察廳上班，除了面對高層的降職懲處，最大的危機，就是隨時隨地都要戳破他身份的新上司權赫柱，以及藏在暗處關注他一舉一動的內鬼。
世強證券代表趙賢民（嚴基俊 飾演）為了復仇，奪回在集團中的總裁地位，不惜收買警局高層，連檢察官都在內。他們開發出的防毒軟體安裝在各大企業及政府機關，竟然能蒐集使用者資料，趙賢民利用這強項，手握高官們的黑資料，以此挾持他們聽命於他。
為了搶奪內有重要黑資料的筆電，他膽敢派人殺警察，其中還有警局局長。連偷偷錄影他不法做為的女友申曉靜，為保有秘密也能狠心殺掉她。
一心要逮捕駭客哈迪斯的權赫柱，從假金宇玄在電腦四邊貼滿便利貼的習慣，拆穿他其實是朴其英，從他和江美口中得知警局藏有內鬼，轉為和他們合作，查案過程還和「真實故事」唯一記者崔勝妍（宋昰昀 飾演）發展出戀情來。
韓劇《幽靈》 講述的是網路搜查隊在揭開一個不為人知的網絡世界即隱藏在尖端技術中的秘密時，搜查隊員們所經歷的各種駭人聽聞事件和際遇。全劇充滿懸疑和陰謀。
在台灣播出時劇名改為《真愛密碼》，明明跟愛情一點關係也沒有，真是奇怪。
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