被教宗們驅除的12惡靈原本都在歐洲四處逃竄，其中一個卻來到了韓國，神父們遠從義大利飛到首爾，費了好大功夫抓到了這個惡靈，不料座車遭撞，兩人身死亡。巧女高中生英伸（樸素丹 飾演）走近車禍現場，惡靈趁機脫逃附身在她身上。
英伸開始出現各種無法以科學角度解釋的詭異症狀，她在醫院接受各種醫學治療，都沒有好轉。
金神父（金允錫 飾演）是玫瑰十字會的非正式會員，也是天主教會中驅魔祭司鄭神父的副祭司，但鄭祭司生病後，他仍獨自以自己的力量為英申除魔，都沒有成功。
英伸體內的惡魔是雄性的，所以它在女性的體內沒辦法發揮能力，一直以各種方法折磨英申，希望整死她後，可以逃離這具女體，尋找到男性宿主。
英伸決定以跳樓自殺方式，用自己的靈魂困住惡魔，這個方式使她成為植物人狀態。
英伸的父母對金神父非常不滿，他們到教會投訴他的不當行為，害英伸成為植物人，另一方面還請女巫為英伸作法驅趕惡魔，道士在屋內屋外貼滿符咒作法收妖，可這個惡靈無人能憾動它，反倒是女巫或道士一一被打敗。
金神父在驅魔過程中，擔任輔助祭司的修士都因受到惡靈的恐嚇和幻術欺瞞，產生莫大恐懼，紛紛退出。
金神父無視教會的懷疑與主教的反對，執意進行驅魔儀式。
這次他拜託神學院校長為他挑選一位學生擔任輔助祭司，特別指明要生肖屬虎的，會說三種以上語言，翻遍學籍資料只有崔俊昊（姜棟元 飾演）符合資格。崔俊昊是學校頭痛人物，念了七年無法畢業，考拉丁文，明目張膽做弊，夜裡翻牆去便利商店買酒在宿舍內，和同學們開懷暢飲到醉倒。
時間緊迫，校長硬著頭皮讓崔俊昊去找金神父，還特別交代除了從旁協助外，還必須負起監視整個儀式過程的任務，交給他錄影設備。
崔俊昊先去找上次在驅魔中途退出的馬修士問現場情況，馬修士拒絕說明，只交給他一堆筆記資料和錄音帶。
在宿舍裡聽著驅魔過程斷斷續續的對話錄音帶，崔俊昊起了疑心，迷迷糊糊睡著後，他夢見年幼的自己牽著更幼小的妹妹，被兩隻大狗擋住去路，準備退後時，其中一隻狗掙脫鐵柱，追上他們，情急下崔俊昊拋下扯住他腳的妹妹，沒穿鞋獨自逃跑，妹妹竟被大狗咬死，這也成為他這生最大的惡夢，獨自逃命，害死妹妹。
在儀式開始前，崔俊昊對金神父說出這段夢魘往事，他也只是長嘆一聲說：惡狗跟惡靈一樣，專挑最弱小的欺負，妹妹比他矮小，自然是惡狗的目標。
驅魔儀式開始前，崔俊昊依金神父的指示，吃了聖餐，噴了女性分泌物的防護水，在人中處塗抹牙膏，抵擋惡靈散發的腐肉氣息。
在英伸的房間內，金神父念完經文後，開始召喚藏在英伸體內的惡靈，透過崔俊昊的翻譯，得知惡靈會說三種語言，當進行到要逼惡靈說出自己名字時，崔俊昊被惡靈矇騙神識，老鼠大軍出現了，大批蟑螂也跟隨在後，俊昊嚇到冷汗直流。他看到金神父掐住英申脖頸，於是他忘記自己要搖鈴，念經文的任務，跑過去推開了金神父，神父撞到頭昏倒，儀式功虧一簣。
惡靈警告崔俊昊快走，不然要殺死他。並告訴教會的人，金神父是瘋子，這裡沒有任何惡魔。
逃離英伸家的俊昊跑到熱鬧大街上，他在對面商店櫥窗看幼小的妹妹，手握一隻他的球鞋，流著淚。
俊昊嚎啕大哭起來，當年他若不逃跑，留下來保護妹妹，妹妹就不會死了。
他又回到英伸家樓下，疲憊的金神父問他：怎又回來了？俊昊尷尬微笑：忘了穿鞋。
這次兩人再次共同進行驅魔，這次面對兩位祭司的逼問，惡靈終於說出了自己的名字，被趕入小豬的體內。
金神父要俊昊在一小時內將小豬丟入江裡，要不然他就會成為惡靈下一個宿主。
惡靈消除，英伸死了，金神父哀哀痛哭，英伸的母親報警說金神父殺了她的女兒，他被上銬送上警車，抱著小豬的俊昊被警察沿途追捕，還引起汽車連環大追撞，最後俊昊選擇和小豬一起跳入漢江。
《黑祭司》講述驅魔的故事，藉金神父的口告訴崔俊昊，當驅魔祭司是條吃力不討好的路，沒人會支持，也得不到補償，有可能從今以後會被惡魔纏著不能睡好覺。最糟糕的驅魔神父把惡靈趕走之後，宿主過世，驅魔的神父是要吃上殺人官司的，教會知道詳情，為了社會觀感，也會極力撇清和驅魔神父的關係。就算如此，稟承自己的天職，驅魔神父還是會盡力完成任務的。
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